Siden 2003 har et par havørne ynglet ved Skarresø
Parret byggede i 2003 rede nær søen, og det daværende Vestsjællands Amt lukkede i samarbejde med skovejeren dele af skoven, men der kom tilsyneladende intet ud af dette yngleforsøg.
I 2005 flyttede havørneparret så ud på øen Magleholm, og her lykkedes det endelig at få 1 unge på vingerne.
For at give havørnene de bedste ynglebetingelser og for at beskytte dem bedre mod forstyrrelser fra søsiden, blev der i 2005 vedtaget et Tillæg til regulativ for Skarresø (PDF) vedr. sejlads på søen.